Terdapat 3 Laboratorium Komputer di SMP Joannes Bosco Yogyakarta yang terdiri dari 3 Server utama dan 3 Server cadangan yang siap digunakan sewaktu-waktu ketika server utama mengalami trouble, 70 komputer client dengan spesifikasi yang mumpuni.

Laboratorium Komputer ini difasilitasi dengan koneksi internet dengan kapasitas yang juga mumpuni, yang bisa digunakan oleh siswa dan guru untuk mengerjakan tugas, sekaligus mengakses internet yang disediakan Sekolah. Internet juga disebar dengan Wi-Fi yang dipasang di beberapa titik agar bisa digunakan oleh guru dan siswa.

Laboratorium Komputer ini lebih dikuhususkan penggunaannya untuk kegiatan belajar mengajar-mengajar dan sebagai ruangan Multimedia yang berkaitan dengan pelajaran. Laboratorium Komputer juga dilengkapi dengan aplikasi software Microsoft Office, aplikai editor, Adobe Photoshop, Corel Draw, dan lain-lain.