SMP Joannes Bosco Yogyakarta membentuk pokja sanitasi dan kamar mandi. Pertama mengenai kebersihan lingkungan sekolah sangat diperhatikan, meliputi ruang-ruang untuk proses pembelajaran berlangsung. Kita sebagai warga sekolah, jika kondisi di setiap sudut terlihat kotor berdampak pada motivasi guru, karyawan dan siswa-siswi menjadi kurang bersemangat untuk melakukan proses pembelajaran. Oleh karena itu, kita sebagai warga sekolah SMP Joannes Bosco Yogyakarta yang selalu menggunakan prasarana penunjang. Selalu melihat, mengecek sanitasi apakah kondisinya baik atau kurang layak dipandang. Sanitasi adalah wujud untuk selalu membudayakan hidup bersih, karena jika tidak kita akan terkontaminasi kotoran dan bakteri yang berbahaya.

Sanitasi meliputi aspek drainase, kamar mandi, dan air bersih. Seperti yang sedang dikerjakan siswa-siswi SMP Joannes Bosco Yogyakarta melakukan bersih-bersih diarea yang sangat penting/vital. Drainase merupakan suatu sistem saluran pembuangan yang berfungsi untuk mengalirkan limpahan air hujan, buangan air kotor agar lingkungan sekolah bersih dan nyaman. Oleh karena itu, kita sebgai warga sekolah wajib menjaga kebersihan drainase agar bisa selalu mengalirkan air hujan menuju pembuangan dengan lancar. Kamar mandi juga harus selalu bersih, karena kita selalu menggunakan setiap hari. Jika kamar mandi kita kotor, sebagai warga pengguna prasarana mungkin tidak akan nyaman. Air bersih juga sangat penting sebagai penunjang melakukan aktivitas mandi, buang air kecil, dan besar.